Episoda 1:
Skrytá hrozba
Planeta Naboo je blokována zločineckou Obchodní federací. Ta požaduje, aby planeta zaplatila poplatek za obchodování, jinak bude planeta obsazena. K invazi nakonec dojde, protože planeta není ochotná nátlaku podlehnout. Na Naboo se vydávají dva rytíři Jedi (Obi-Wan Kenobi a Qui-Gon Jinn) inkognito, aby zjistili stav věcí. Když se dozví, co se děje, požádají o pomoc místní vodní říši, Gungany. Poté odlétají na planetu Coruscant vysvětlit senátu Galaktické republiky, jak se věci mají. Mezitím se však jejich loď porouchá, a tak Jediové přistanou spolu s nabooskou královnou Amidalou, kterou se snaží odvézt do bezpečí, na pouštní planetě Tatooine. Tam potkají mladého otroka Anakina Skywalkera, který velmi rád létá na vznášedlech a také se jednoho závodu vznášedel zúčastní a vyhraje ho. Tím, že vyhrál, osvobodil sebe, a získal tak peníze na opravu lodi rytířů Jedi. Společně pak všichni odlétají konečně na Coruscant, kde se však nic nerozhodne, protože Senát si již Obchodní federace stačila podplatit. Mezitím je Anakin Skywalker přijat do řádu rytířů Jedi jako Obi-Wanův učedník a potom se všichni vydají na Naboo. Obi-Wan se v čele Gunganů postaví okupační armádě, a díky tomu, že Anakinovi se podaří proniknout do centrály řízení armády, se podaří Obchodní federaci eliminovat, a tak osvobodit Naboo. K tomu se ale ještě občas objevuje tajemný Darth Maul, učedník Darth Sidiouse. Darth Maul se snaží zabít Obi-Wana a Qui-Gona, což se mu podaří jen částečně; zabije pouze Qui-Gona.
Episoda 2:
Klony útočí
Senátorka za Naboo Amidala přilétá na Coruscant. Loď na které má přiletět, ale na které letí její dvojnice, se stane cílem atentátu při kterém umírá zmíněná dvojnice. Na ochranu Amidaly jsou nasazeni dva rytíři Jedi (Obi-Wan Kenobi a jeho učedník Anakin Skywalker). Ti chytí najatou vražedkyni, která je ve chvíli, kdy skoro prozradí jméno svého zaměstnavatele, zabita. Obi-Wan zjišťuje, že šipka patří tvůrcům klonů a že jejich planetu (Kamino) někdo vymazal z archívu rytířů Jedi, a tak se vydává tuto planetu najít. Anakin má zatím chránit Amidalu, která se vrací na Naboo. Obi-Wan na planetě tvůrců klonů zjišťuje, že někdo objednal armádu klonů pro republiku. Najde také nájemného lovce lidí, Jango Feta, jenž je zodpovědný za atentáty na Amidalu, jenž je také vzorem pro klony. Jango Fet prchá, ale je pronásledován Obi-Wanem, kterému po honičce a přestřelce v poli asteroidů uniká. Obi-Wan na planetě pod polem nachází armádu droidů vedenou obchodní federací a hrabětem Dooku. Mezitím Anakin a Amidalou odlétá na Tatoine hledat svou matku. Obi-Wan je zajat poté, co se přes Anakina pokusí poslat zprávu radě Jedi a Anakin s Amidalou se ho vydají zachránit, ale jsou zajati též a připoutáni v obrovské aréně, kde mají být sežráni nevídanými stvůrami. Na jejich záchranu se vydá celá armáda rytířů Jedi, kteří však droidům podléhají. Poslední z nich jsou zachráněni armádou klonů, vedenou mistrem Yodou. Ve velké bitvě jsou droidi poraženi, ale Dooku po souboji s Obi-Wanem a Anakinem (kterému v souboji usekne ruku), a posléze i Yodou, prchá. Film končí svatbou Anakina a Amidaly, a impozantní scénou, kde se obrovské armády klonů naloďují na válečné lodě.
Episoda 3:
Pomsta Sithů
Galaktickou republiku zachvátila válka. Tisíce planet se postupně dostávají do moci separatistů, a ohroženo je i hlavní sídlo Republiky, Coruscant. Film začíná velkou bitvou na oběžné dráze této planety, dva rytíři řádu Jedi, Anakin Skywalker a Obi-Wan Kenobi, se vydávají zachránit uneseného kancléře Palpatina, kterého zajala vojska nepřátelského generála Grievouse. Oběma se podaří nejen to, zničí zároveň i učedníka temného lorda Darth Sidiouse, hraběte Dooku. Při bojích na palubě lodi, kde je kancléř zajat, ji však poničí a ta se začne následně řítit na planetu.
Po přistání na Coruscantu rada Jediů rozhodne, že Grievous musí být zastaven; úkol, který chce získat Anakin, je však přisouzen Obi-Wanovi. To Anakina rozzlobí a postupně začne ztrácet svoji důvěru v Radu. V noci se Anakinovi zdá sen, že jeho žena, Padmé Amidala, zemře při porodu. Poučen ztrátou své matky, které nedokázal zabránit, rozhodne se Anakin, že podobná chyba se nesmí za žádnou cenu opakovat. Kancléř Palpatine, který je přítelem mladého Skywalkera, po smrti hraběte Dooku začne přátelský vztah upevňovat a žádá ho zároveň, aby pro něj získával informace z Rady Jediů.
Rada tuší toto spiknutí, a proto se snaží Anakina držet dál od všech půtek, které se dějí uvnitř jak Republiky, tak řádu Jedi. Palpatine využije u Anakina rostoucí nedůvěry v Radu spojenou se strachem o život Padmé ve svůj prospěch. Nabídne mu pomoc, ta však spočívá v přivrácení k Temné straně Síly. Anakin, ač rozpolcen, souhlasí, a to i potom, co zjistí, že je to sithský lord Darth Sidious, který za celou válkou stojí.
Mezitím se Obi-Wan Kenobi vydává na planetu Utapau zlikvidovat generála Grievouse. Zpočátku je boj vyrovnaný, později ale na pomoc přijde republiková armáda, která zvrátí poměr sil ve prospěch Jedie a Grievous je po dlouhém a vyčerpávajícím boji zničen.
Anakin Skywalker informuje Radu Jediů o pravém původu kancléře, což rytíře donutí okamžitě jít ho zatknout. Několikačlenná výprava je však Sithem pobita a jediný, kdo přežije, je mistr Mace Windu. Anakin, který má zůstat mimo dění, se rozhodne toto porušit a do boje zasáhne. Během sledování souboje se však přidá na stranu kancléře, který následně mistra Windu zabije. O chvíli později se již Anakin přidává k Temné straně a Palpatine mu uděluje oficiální sithské jméno Darth Vader.
První úkol, který nový účedník dostane, je zlikvidovat všechny rytíře řádu Jedi, kteří by mohli zabránit prosithskému převratu v Republice. Anakin pobije pouze děti, dospělí rytíři zatím bojují po boku Republiky na planetách ohrožených separatisty. Pouze ale do chvíle, kdy Palpatine vydá rozkaz 66, kterým se de facto Republika stává Impériem. Jediové jsou během chvíle pobiti svými bývalými spojenci, přežije jen Yoda a Obi-Wan Kenobi. Ti se vydávají zpátky na Coruscant, protože netuší, že řád byl zničen. Po přistání nacházejí jen mrtvé rytíře a vypálený Chrám. Obi-Wan Kenobi sice předpokládá, že takovou věc by mohl Anakin spáchat, sám tomu nechce uvěřit. Až bezpečnostní hologram ukáže krutou pravdu o Anakinově přistoupení k Temné straně Síly. Obi-Wan je tímto naprosto zničen, teď už věří, že selhal ve výchově svého padawana.
Po zničení Chrámu Darth Vader dostane další úkol – odletět na vulkanickou planetu Mustafar, kde má zničit vůdce separatistů. Jeho příchod je očekáván, ne však již krvavý masakr, který nastane. Během chvilky odštěpenecké armády ztratí svoje vedení a válka by tak měla být u konce; Anakin věří, že přinesl mír. Následně se na Mustafar vydá i Obi-Wan.
Yoda zůstal na Coruscantu sám, brzy po jeho příletu probíhá zasedání Senátu. Právě během něho Palpatine prohlásí před zástupci všech planet, že v rámci zachování trvalé stability a prosperity bude Republika přeorganizována jako První galaktické impérium. Po projevu se Yoda a Imperátor spolu střetnou přímo na půdě Senátu, nikdo však nezvítězí.
Obi-Wan chce ještě svého, nyní již bývalého žáka, zachránit. Již po přistání však brzy pozná, že Anakin se změnil, a to velmi rychle. Během krátkého okamžiku dojde k souboji mezi nimi, v němž Obi-Wan definitivně ztratí jakoukoliv víru na záchranu Anakina z moci Temné strany Síly. Nikdo není při boji zabit, mladý Skywalker ale spadne příliš blízko proudu lávy, a je těžce zohaven. Na pomoc se mu vydá Imperátor, odveze ho zpět na Coruscant a pokusí se ho zachránit. Vadera nakonec spasí pomocí operace, při níž se z něj stane spíše stroj nežli člověk a získá svůj budoucí charakteristický černý robotický oblek s helmou.
Obi-Wan Kenobi a Yoda odlétají na separatistický asteroid, protože Padmé právě má porodní bolesti (otěhotněla ještě s Anakinem). Narodí se jí dvojčata, Leia a Luke Skywalker. Následně Padmé umírá, přesně jak Anakin viděl ve svých snech. Aby jim nemohl Imperátor ublížit, krátce po porodu jsou obě děti od sebe rozděleny. Obi-Wan odveze Luka na Tatooine a senátor Organa odváží Leiu na planetu Alderaan.
Darth Vader po svém probuzení první, co chce vědět, je, zda Padmé ještě žije a zdali je v bezpečí. Palpatine odpovídá, že zemřela a že ji Vader zabil sám. Od této doby se tak Skywalker ocitá plně v moci Imperátora. Pod jeho dohledem začne postupně budovat definitivní zbraň proti povstalcům – Hvězdu smrti.